Водородные компрессоры бывают различных типов: диафрагменные, поршневые, роторные, винтовые и турбинные. Соответствующий тип выбирается в зависимости от расхода, давления на впуске и давления на выхлопе. Поршневые компрессоры имеют большую производительность, при этом степень сжатия одноступенчатого-обычно составляет от 3:1 до 4:1. Мембранные компрессоры быстро рассеивают тепло, а процесс сжатия близок к изотермическому, что позволяет достигать более высоких степеней сжатия — до 20:1. Однако из-за меньшей скорости потока они в основном используются в приложениях, требующих более высокого давления водорода, но более низких скоростей потока.
Как правило, компрессоры с давлением ниже 30 МПа обычно являются поршневыми компрессорами, поскольку опыт показал их высокую надежность и их можно использовать независимо в много-ступенчатых компрессорах. Для давления выше 30 МПа и меньшего объемного расхода можно выбрать мембранные компрессоры. Преимуществом диафрагменных компрессоров является их надежная герметизация при высоком давлении: поскольку уплотнительная конструкция их газовой камеры представляет собой диафрагму, зажатую между головкой блока цилиндров и блоком цилиндров, закрепленную основными болтами, образующими статическое уплотнение, исключающее утечку газа. Кроме того, мембранная камера закрыта, что предотвращает контакт с каплями масла, масляным туманом или другими примесями, гарантируя, что входящий газ не будет загрязнен внешними факторами во время сжатия. Это особенно выгодно для применений, требующих высокой чистоты среды. В состав водородного компрессора входят основные компоненты (такие как картер, коленчатый вал, шатуны и т. д.), компоненты блока цилиндров, плунжерные компоненты, компоненты охладителя, системы защитной защиты и управления и другие вспомогательные компоненты.